Предсказание транскриптомов микробов с помощью TXpredict

Предсказание транскриптомов напрямую из последовательностей геномов является большой задачей в микробной геномике. Многие микробы, которые были секвенированы, не могут быть вы cultured, либо требуют сложных экспериментальных методов, таких как RNA-seq. Это создает пробел между геномной информацией и функциональным пониманием, что ограничивает наши знания о процессах адаптации микробов, механизмах выживания и функциях регуляции генов.

Проблемы существующих методов

Текущие методы профилирования транскриптомов в основном основаны на экспериментальных подходах, таких как RNA-секвенирование. Эти методы требуют много времени, затратны и часто не подходят для микробов с особыми требованиями к росту или выживания в экстремальных условиях. Существующие вычислительные модели учитывают лишь частично таксономические группы, и не принимают во внимание эволюционные ограничения, что делает их менее полезными для предсказания транскриптомов непроверенных и новых микробных видов.

Решение TXpredict

Учёные из Пекинского технологического института и Гарвардского университета разработали TXpredict — инновационную платформу для предсказания транскриптомов, использующую аннотированные геномные последовательности. Основываясь на предобученной модели языка белков (ESM2), TXpredict извлекает предсказуемые характеристики из белковых векторов, учитывая эволюционные принципы.

Преимущества TXpredict

• Быстрая и эффективная предсказательная модель: выполняет предсказание транскриптома за 22 минуты на стандартном оборудовании.
• Высокая точность: достигнут коэффициент корреляции Спирмена 0.53 для бактерий и 0.42 для архей.
• Способность анализировать разнообразие микробных таксонов, включая некультивируемые виды.

Применение в микробной геномике

TXpredict заполняет пробелы между геномными последовательностями и предсказаниями транскриптомов, что позволяет получать ценные инсайты о регуляции генов и адаптации. Это открывает перспективы для улучшения исследований в области синтетической биологии и экологии.

Рекомендации по внедрению ИИ

Если вы хотите развивать свою компанию с помощью ИИ, вот несколько шагов:

• Проанализируйте, как ИИ может изменить вашу работу.
• Определите, какие ключевые показатели эффективности (KPI) хотите улучшить с помощью ИИ.
• Подберите подходящее ИИ-решение для вашего проекта.
• Внедряйте ИИ постепенно, начиная с малого проекта и анализируя результаты.

Если вам нужны советы по внедрению ИИ, свяжитесь с нами.

Попробуйте нашего ИИ-ассистента в продажах

Этот ИИ-ассистент помогает отвечать на вопросы клиентов и генерировать контент для отдела продаж, что снижает нагрузку на первую линию.

Узнайте, как ИИ может изменить ваши процессы с решениями от Flycode.ru